年末調整は個人事業主に必要?確定申告と両方やる場合などケース別に解説

最終更新日:2025年03月07日

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この記事のまとめ

  • 個人事業主は原則として年末調整は不要だが、給与所得がある場合や従業員を雇用している場合は年末調整が必要となる場合がある
  • 年末調整が必要な個人事業主は、勤務先で年末調整を受けるか、確定申告時に給与所得と事業所得を合わせて申告する必要がある
  • 従業員がいる個人事業主は、従業員に対して年末調整を行い源泉徴収票を発行する義務があり、怠ると罰則が科される場合がある

「年末調整は個人事業主にも必要?」「確定申告すれば問題ないのでは?」と疑問に思っている人は多いでしょう。個人事業主は 原則不要ですが、置かれている状況によっては必要になるケースもあります。自身が事業所得と給与所得を受けているとき、従業員を雇っているときなどです。

本記事では個人事業主と年末調整の関係性、必要になるケース、年末調整の手順を解説します。条件を確認し、手続きもれがないようにしましょう。

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年末調整は個人事業主本人には原則不要

個人事業主には年末調整は原則として不要です。個人事業主は確定申告により所得税を納めるため、源泉徴収を行う必要はありません。

しかし、本業とは別に副業による給与所得がある場合、年末調整後に確定申告で給与所得と合わせて申請し、税額を調整する必要があります。

ただし、給与所得があっても個人事業主としての所得が20万円以下なら確定申告が不要となり、年末調整のみを受けます。

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そもそも年末調整とは

そもそも年末調整とは、月々の給与から源泉徴収した金額と年末に確定する年収に対する所得税額との間で行われる調整です。税額の確定や各種の控除の適用により、会社側が金額を調整します。ここからは、年末調整の基本知識を見ていきましょう。

年末調整と確定申告の違い

年末調整も確定申告も1年間の個人の所得を確定し、所得税額を申告・納税する手続きです。

年末調整では従業員の代わりに会社が税額を申告・納税します。その際、給与から源泉徴収によってあらかじめ差し引いた金額と、年度末に確定した税額との差を調整します。源泉徴収分が還付される場合と税額が増える場合があるのがポイントです。

確定申告は、個人事業主や要件を満たす会社員・役員らが個人で行う納税手続きです。各種控除は年度末を過ぎてから個人で申請するため、会社による年末調整は行われません。

年末調整が必要な人

年末調整の対象者は、1年を通じて給与所得をもらって勤務している人または該当年の途中で就職した人のうち、年末時点で会社に在籍している人です。

年の途中で就職した人は、年末時点で勤務している会社に前職で交付された源泉徴収票を提出し、現職と合わせて年末調整を受けます。年の途中で海外勤務が決まったなどの理由で非居住者となったときは、海外に出発する前に年末調整を受けないといけません。

パートタイムで働いている人が中途退職し、その年の給与総額が103万円以下になる(他から給与をもらう見込みもない)場合も、年の途中で年末調整を行います。

年末調整の手続き等については、「フリーランスにも年末調整がある?手続きや流れについて解説ル」の記事もチェックしてみてください。

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個人事業主本人に年末調整が必要になるケース

個人事業主は原則として年末調整は不要ですが、必要なケースもあります。年末調整のみ受けるケース、年末調整と確定申告の両方が必要なケース、どちらもあるので注意しましょう。

給与所得と事業所得がある

個人事業主が給与所得と事業所得を得ている場合、年末調整が必要になる可能性があります。このような人は基本的に勤務先で年末調整を受けますが、事業所得の金額によっては確定申告も必要です。

事業所得が20万円以下なら確定申告は不要ですが、20万円超なら申告しなければなりません。

事業の他にアルバイト収入を得ている

個人事業主が事業の他にアルバイトなどで収入を得ているときも、年末調整を受けます。
アルバイト収入も給与所得に当たるため、雇用先での年末調整が必要です。

ただし、アルバイト・パートの給与収入があり、個人事業での所得が20万円以下の場合、確定申告は必要はありません。

また、「個人事業主がアルバイトする際の注意点|雇用する人も必見のポイントを開設」の記事では注意点について紹介しています。

年度途中まで給与所得者だった

給与所得者であった人が年の途中から個人事業主となった場合、年末に会社に在籍していないため年末調整を受けられません。自分で確定申告をして納税額を調整します。個人事業の収入が20万円以下でも、正しい税額を確定させる必要があります。

確定申告時には所属していた会社の源泉徴収票を添付し、源泉徴収額と納税額を調整します。還付が受けられる可能性もあるため、確定申告は必ず行いましょう。

個人事業主から給与所得者になった場合

個人事業主として活動したあと年の途中で給与所得者になった場合は、年末に会社に在籍しているため年末調整の対象となります。

ただし、個人事業主時代の事業収入については確定申告が必要です。確定申告では、源泉徴収額と事業収入に対する所得税額の調整を行います。事業所得と給与の金額や医療費控除の金額によっては、事業所得分の納税額より控除分が上回る可能性もあります。

給与所得者が事業所得を得ている場合

給与所得と事業所得を並行して得ている人は、年末調整と確定申告の対象です。副業として事業を営んでいるケースが当てはまるでしょう。

ただし、事業所得分が20万円以下であれば確定申告は不要です。基本的には途中から給与所得者になった場合と同様の手続きとなります。

確定申告については、「業務委託契約の税金|所得税・住民税の概要や確定申告の方法とは」の記事でも詳しく解説しています。

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従業員の年末調整について

個人事業主本人には年末調整が不要でも、従業員やアルバイトを雇っていれば雇用者として年末調整を行わなければなりません。従業員に対して年末調整を正しく行えるようになりましょう。

年末調整が必要な従業員

年末調整は、年末時点で勤務している従業員やアルバイトに対して行います。年末までに退職や転職をした従業員については転職先で年末調整を受けてもらいましょう。

なお、正社員ではなくアルバイトやパートであっても、事業主と雇用契約を結んでいればすべての人が年末調整の対象となります。

青色申告専従者の年末調整

青色申告専従者とは、青色申告を行っている事業者の家族・親族で、青色申告の対象事業にのみ専従している人を指します。青色申告専従者への給与は経費として計上可能です。

青色申告専従者は年末調整の対象です。月給が88,000円以上の専従者に関しては、所得税を天引きする源泉徴収を行う必要があります。年末調整を行ったうえで預かった所得税を納付する義務も生じます。

従業員の年末調整の注意点

従業員の年末調整には、各種書類が必要です。生命保険料控除証明書や国民健康保険料・国民年金保険料の明細書などがあげられます。

転職者がいるときは、前職での源泉徴収票を提出してもらう必要があります。雇用主として源泉徴収をする場合は必要となる書類が多いため、早めの準備を心がけましょう。11月頃になったら書類の提出を依頼してください。

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年末調整の流れと手順

ここからは、個人事業主が雇用者として年末調整する流れと手順を解説します。従業員やアルバイトの年末調整は自身の確定申告より準備が多く、煩雑な事務処理もあります。正しい流れや手順を理解して対応しましょう。

給与支払事務所等の開設届出書の提出

個人事業主が従業員を雇用する場合、「給与支払事務所等の開設届出書」の提出が必要です。これは従業員を雇い、給与を支払いつつ所得税を正しく納入するための書類です。源泉徴収を行い、従業員に代わって納税するうえで欠かせません。

従業員に支払う給与が少額で源泉徴収する必要がないときも、給与が発生する以上は届出の提出は必須です。青色申告専従者に家族や親族を従業員とする場合も同様です。

年末調整を行う時期

年末調整の書類準備は11月には始めましょう。従業員に告知し、必要な書類を提出してもらいます。書類の準備には時間がかかるため、余裕をもったスケジュールで依頼をしてください。

給与所得者の扶養控除等申告書、給与所得者の保険料控除申告書、配偶者特別控除申告書、給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書などを記入・提出してもらいましょう。それらをもとに所得税額を計算し、年末調整します。

翌年1月10日には預かった源泉所得税を納付し、1月末までに従業員に源泉徴収用を発行します。

源泉徴収票について

雇用者は年末調整を行う際に源泉徴収票を発行します。源泉徴収票は、年間の収入から基礎控除や給与所得控除を差し引いた課税所得に対して所得税を確定する書類です。

月々に徴収していた源泉徴収税額との過不足を計算しましょう。最終的に決定した税額について、源泉徴収票を作成します。源泉徴収票などの必要書類は、国税庁サイトに掲載されているテンプレートが利用可能です。

申告書類について

申告書類として、年末調整を受けるすべての従業員の「給与所得者の扶養控除等(異動)申告書」の提出が必要です。
適用になる控除がある場合は追加の申告書が求められます。給与所得者の基礎控除申告書や 給与所得者の配偶者控除等申告書、所得金額調整控除申告書、給与所得者の保険料控除申告書などがあげられます。これらも必要な従業員に対して依頼をしましょう。

申告書類は紙による申請だけでなく、電子申請も可能です。

年末調整の計算について

従業員に証明書や申告書類を提出してもらい、書類が揃ったら12月分の給与を計算して年末調整を実施します。調整した金額を12月分給与に反映させましょう。

控除の額によっては還付金が発生します。不足分が発生し追加徴収が必要になるケースもありますが、いずれの場合も12月給与で調整をします。天引きもしくは還付で対応しましょう。

処理が終わったら源泉徴収票を作成します。国税庁サイトから源泉徴収票の様式をダウンロードして、従業員に発行しましょう。

申告書類の提出について

年末調整して源泉徴収票を作成したら、翌年1月10日までに預かっている従業員の所得税分を納入します。

1月末までに税務署、あるいは従業員の居住する市区町村に申告書類を提出しましょう。提出書類は、源泉徴収票、法定調書合計表、給与支払報告書です。必要に応じて「報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書」も提出します。

これらの申請には電子申請も利用可能です。従業員にe-Taxなどの手続きをしてもらい、申告と計算を行います。従業員のITスキルによっては電子申請のハードルが高い可能性もあるため、事前に理解を得てから導入しましょう。

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年末調整を怠った場合のリスク

正当な理由なく年末調整を拒否すると、罰則が課される可能性があります。これらのリスクを理解し、年末調整を正しく行いましょう。

年末調整は雇用者の義務

所得税法第190条では、年末調整は雇用主の義務であると定めています。個人事業主やフリーランスであっても、人を雇っている場合は年末調整の実施義務を負います。

この法律では、年末調整として従業員から源泉徴収した所得税を正しく計算し、過不足を調整し、正しく納税することを義務付けています。

これらを怠ると刑事罰を受ける可能性があるほか、従業員が自ら確定申告を行う必要が出てきます。確定申告を受けなければ、各種の控除が受けられずに税額が大きくなります。雇用主としての信頼を失わないためにも、年末調整の制度を理解して厳密に行いましょう。

怠った場合は罰則も

年末調整を正当な理由なく拒否すると、罰則が課せられる可能性があります。罰則は10年以下の懲役もしくは200万円以下の罰金と定められており、場合によっては併科されます。

「個人事業主だから大丈夫」と甘く考えていると、正しい控除額が申請できなくなったり、納税や申告書類の提出に不備が生じたりする恐れもあります。

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まとめ

年末調整は個人事業主にとっては基本的に不要ですが、給与所得が発生すれば必要になる場合もあるでしょう。また、青色申告専従者や従業員を雇用したら、雇用者として年末調整を実施する義務が生じます。

「個人事業主だから年末調整は関係ない」とは考えず、正しい知識を身に付けていざという際に慌てないようにしてください。

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